L'histoire d'Emily est vraiment très complexe... Il faut savoir d'abord que ce n'est pas son nom, son vrai nom est Amanda Clarke. Mais son enfance a été loin d'être facile, dès le départ, sa mère Kara serait décédée d'une maladie quand Amanda avait 5 ans même si elle découvrira bien plus tard qu'en vérité elle n'est pas morte mais qu'elle la protégeait d'elle même car elle avait des problèmes psychologiques. Elle vivait alors avec son père David alors qu'ils passent l'été 1992 dans les Hamptons, il aurait eu une liaison avec la femme de son patron, Victoria Grayson. Mais pendant ce temps Conrad Grayson, le patron de David, blanchissait de l'argent à un groupe de terroristes pour aider à détruire le vol 197, et s'arrange pour faire accuser David Clarke. Il est alors arrêté pour trahison, et Amanda passe dans différentes familles d'accueil pendant 8 ans, sans jamais revoir son père que d'ailleurs elle pensait aussi coupable. Elle passe ensuite deux ans dans un centre de détention juvénile où elle rencontre la vraie Emily Thorne. A ses 18 ans, elle est libérée et c'est un ami de son père Nolan Ross, qui lui apprend toute la vérité sur son père, et notamment que la jeune femme détient une partie des bénéfices de son entreprise Nolcorp dans laquelle David avait investi. Il lui donne une boite où elle retrouve des photos, des journaux intimes où son père dévoile toutes ses pensées. Son père ne voulait pas d'une vengeance contre les Graysons et les autres qui ont comploté contre lui, mais sa fille va faire tout le contraire: elle n'a qu'une idée en tête retourné dans les Hamptons pour se venger de son père. Elle change alors de nom et rachète leur ancienne maison. Elle réussi à se venger un par un tout en subtilité. Elle incruste la famille Grayson par le biais de leur fils Daniel, qui est au départ qu'un moyen de les infiltrer mais rapidement elle s'éprend de lui. Mais ce n'est pas sans compter la présence de son ami d'enfance Jack Porter, qu'il ne la reconnait pas. Elle risque sa couverture lorsque le garde du corps de Victoria Grayson cherche dans le passé d'Emily et trouve la fausse Amanda, il manque même de la démasquer mais il sera tué juste avant. La fausse Amanda arrive elle-aussi dans les Hamptons, et attrape dans ses filets Jack, ce qui semble déplaire à Emily. Daniel demande Emily en mariage, et elle accepte. Mais rapidement, elle se rend compte qu'il n'est pas mieux que ses parents, il les protège malgré qu'ils sachent la vérité à propos du vol 197. Elle rompt alors ses fiançailles avec Daniel. Emily avait réussi à faire que la fausse Amanda disparaisse, mais elle revient et enceinte de Jack. Elle avait d'ailleurs découvert que Charlotte Grayson, la soeur de Daniel est en faite sa demi-sœur, et donc la fille de David Clarke.
On se rend compte que pendant quelques mois, elle est partie des Hamptons pour suivre un entrainement auprès de son mentor Takeda, et auprès d'Aiden. Il connait sa véritable identité et a les mêmes motivations qu'elle: il veut retrouver sa sœur Colleen et se venger de ses ravisseurs. Ils se rapprochent et vivent même une histoire d'amour tous les deux. La fausse Amanda manque de mourir à cause des Graysons, mais réussit à rester en vie et donne naissance à un petit garçon, Carl, dont Emily sera la marraine. La fausse Amanda et Jake vont rapidement se marier suite à ça. Lors de leur voyage de noces sur le bateau de Jack, Amanda va mourir. Ce qui fait renaitre son désir de vengeance, Emily fait semblant de quitter Aiden et renoue avec Daniel. Et elle va même jusqu'à accepter de se marier avec lui de nouveau. Mais dans le même temps, elle promet aussi à Aiden de se marier avec lui en tant qu'Amanda Clarke, et elle prévoit un plan et qu'après le mariage, elle partirait aux Maldives avec lui. Son objectif: Faire semblant qu'on lui tire dessus depuis le bateau et faire accuser Victoria. Mais Daniel manque plusieurs fois de lui échapper à cause du retour de son ex, mais elle prétend être enceinte de lui, il tient alors sa promesse. Alors que son plan semble bien ficelé, tout part de travers lorsque Daniel découvre que tout est faux, il lui tire alors réellement de dessus et Emily tombe dans l'eau. Alors qu'Aiden et Jack l'attendent sur la plage, une robe de mariée s'échoue sur le sable. Paniqué, Aiden la cherche et la retrouve dans un bateau ayant perdu beaucoup de sang. Elle lui demande de l'emmener avec lui mais il préfère lui sauver la vie. Elle perd la mémoire durant quelques jours et on soupçonne Victoria d'être la tireuse. Alors qu'elle va mieux, elle décide d'arrêter sa vengeance, et de partir des Hamptons le plus rapidement possible. Mais elle apprend alors qu'elle ne pourra jamais avoir d'enfant, attristée, elle quitte Aiden et décide de reprendre sa vengeance en restant mariée avec Daniel. Elle accuse alors Lydia, la maîtresse de Conrad Grayson comme étant son tireur. Ils découvrent que le père d'Aiden est lié au vol 197, Emily fait de nouveau appel à Aiden. Emily finit aussi par divorcer de Daniel après qu'il ait vu des photos d'Emily embrassant Aiden. Elle essaie par tous les moyens de faire avouer en public à Conrad ses crimes, mais sans réel succès. Et Victoria s'approche dangereusement de la véritable identité d'Emily. Jack durant tout ce temps est resté à ses côtés, l'aidant.