Stefan Salvatore est né le 5 novembre 1847 à Mystic Falls. Fils de Giuseppe Salvatore, l’un des fondateurs de la ville et membre du conseil des fondateurs – secret et protégeant les habitants de la ville des vampires – Stefan a grandit d’une façon assez normale pour cette époque bien qu’il devait se montrer à la hauteur des souhaits de son père, tout comme son frère Damon. Il fut d’ailleurs très proche de son frère pendant leur enfance, et ce jusqu’à l’adolescence étant à proprement parlé inséparables. Mais cela ne dura pas…
En 1864, Stefan fit la rencontre d’une jeune femme dont il tomba amoureux au premier regard : Katherine Pierce. Cette jeune femme l’intriguait autant qu’il appréciait sa présence dans leur demeure afin de lui porter secours puisqu’elle avait perdu ses parents. Un peu plus tard, Stefan comprit sans trop de mal que cette jeune femme était un vampire, mais il n’eut jamais peur de ce qu’elle était parce qu’elle prenait bien soin de l’hypnotiser afin de lui faire complètement oublier sa peur. C’est alors que commença une sorte de compétition entre lui et son propre frère lui aussi amoureux de la jeune femme. Cependant, ils n’allaient pas continuer bien longtemps tout cela que Giuseppe Salvatore se servit de l’amour de Stefan pour la jeune vampire afin de la piéger et la démasquer en faisant ingérer à son fils de la verveine. Katherine buvant du sang de Stefan fut capturée afin d’être enfermée dans une église et brûlée avec tous les vampires de la ville. Malgré le désaccord avec son père, Stefan aimait Katherine, et il s’allia même avec son frère afin de la sauver, ce qui malheureusement échoua lorsque Giuseppe préféra voir ses enfants morts plutôt qu’amoureux transis de la jeune femme. Mais quelques heures plus tard, Stefan se réveilla transformé et en transition. Katherine l’avait fait boire, ainsi que son frère, de son propre sang. Il décida qu’il voulait mourir, tout comme son frère, mais cela changea lorsqu’il se retrouva en présence de son père pour faire ses adieux et qu’il le tua accidentellement. Il bu son sang, et la transition commença véritablement. Il força alors son frère à achever la transition afin qu’ils soient ensemble pour toujours. Ce fut à partir de ce jour qu’une véritable haine s’installa entre les deux frères, et ils partirent chacun de leur côté.
Stefan ne vécu pas ses premières années de vampire de la meilleure des façons, il avait en effet un problème d’addiction au sang, ne trouvant pas la force de s’arrêter lorsqu’il devait se nourrir et semant les victimes sur son passage. C’est à ce moment-là qu’il rencontra Lexi, vampire plus âgée que lui, et ayant décidé de l’aider à contrôler sa soif de sang. Grâce à cela, Lexi devint la meilleure amie de Stefan. Durant près d’un demi-siècle, il resta seul, vivant à peu près normalement, mais en 1912, il retrouva son frère Damon à Mystic Falls pour l’enterrement de leur neveu. C’est à ce moment là que Stefan replongea dans son vice quand Damon l’incita à boire de nouveau du sang humain. Stefan reprit donc ses mauvaises habitudes et tua sur son passage de nombreuses victimes. Il s’installa dans les années 20 à Chicago, ayant décidé de couper son humanité afin de vivre pleinement sans ressentir de remords. Il fait alors la connaissance de Rebekah et Klaus dans un bar de la ville, il entame même une relation avec la jeune femme, mais cela ne dure pas puisque Klaus et Rebekah sont en fuite à cause d’un chasseur de vampire et Stefan oublie l’épisode Klaus et le lien de « frères » qu’ils ont pu avoir. Il retrouva le droit chemin un peu plus tard, après un épisode bien sombre où il était devenu « The Ripper ». Lexi est en effet passé par là et Stefan a décidé de vivre une toute autre vie en se nourrissant exclusivement de sang animal pour ne pas replonger.
Près d’un siècle plus tard, Stefan revient à Mystic Falls afin de voir l’un des derniers membres de sa famille, Zach, et lorsqu’il décide de quitter la ville de nouveau, il est témoin d’un accident dans lequel une voiture tombe du pont à la sortie de la ville. Il décide alors d’aller secourir les victimes de l’accident et le père de famille le force à sauver sa fille en premier. Il se rend alors compte que cette jeune fille est l’exact portrait de Katherine, la femme qu’il a aimé autrefois. Intrigué, il décide d’attendre avant de quitter la ville, bien décidé à en savoir d’avantage par rapport à cette fameuse ressemblance. Au début de l’année, il s’inscrit donc au lycée de Mystic Falls où il rencontre officiellement Elena.  Il succombe directement à son charme cependant, il n’a pas vraiment le temps d’y penser que son frère Damon arrive en ville et Stefan comprend que les attaques « d’animal » sont en fait perpétrées par son propre frère. Stefan tente à plusieurs reprises de le stopper, avec l’aide de Zach, son neveu, mais finalement, celui ci se fait rapidement tuer par Damon. Peu de temps après, Stefan réalise qu’Elena a découvert ce qu’il est et il avoue alors sa nature à la jeune femme. Malgré son désir de stopper son frère, le fait d’avoir tenté de le tuer entraine la transformation de Vicky Donovan et Stefan est contraint de la tuer avant qu’elle ne tue Elena ou Jeremy. Elena décide de prendre ses distances avec lui. Stefan malgré sa tristesse retrouve l’envie lorsque Lexi, sa meilleure amie arrive à Mystic Falls pour son anniversaire. Mais ces retrouvailles se déroulent mal lorsque Damon tue Lexi devant ses yeux. Stefan décide de tuer Damon quoi qu'il en coûte, mais n’y parvient pas à cause des paroles d’Elena, il apprend même de la part de son frère, la possibilité que Katherine soit toujours vivante et enfermée dans la crypte qui se trouvait sous l’église en 1864. Stefan décide de quitter la ville afin de protéger Elena, cependant, lorsque celle-ci lui avoue qu’elle l’aime, il ne peut s’y résoudre, il a réalisé qu’il l’aime totalement pour ce qu’elle est et non à cause de sa ressemblance avec Katherine. Réconcilié avec Elena après qu’elle ait découvert sa ressemblance avec Katherine, il lui apprend qu’elle a été adoptée et qu’elle est en fait une descendante de la famille Petrova. S’alliant à Damon afin de l’aider pour libérer Katherine, Stefan n’a fait que manipuler son frère puisqu’il n’avait pas l’intention de l’aider jusqu’au bout. Cependant, Stefan se voit obligé de venir en aide à Damon lorsque d’autres vampires sont intéressés par les vampires qui se trouvent sous l’église. Lorsque tous les vampires sont libérés, Stefan se fait capturer et torturer par ceux-ci. Afin de le sauver, Elena le nourrit de son sang et il perd à nouveau le contrôle de soi, cédant à l’appel du sang malgré le fait qu’il sache que c’est mal. Il décide alors d’en finir, il ne veut pas imposer cela à Elena. Cependant, son amour pour elle finit par le convaincre de continuer à se battre pour ce qu’ils ont ensemble. Lors de la fête des fondateurs, Stefan manquera de mourir de la main de John, le père biologique d’Elena, lorsqu’il essaiera de tuer tous les vampires présents à Mystic Falls, mais Bonnie l’aidera ainsi que Damon et Stefan s’en sortira.
Stefan voit les choses changer à Mystic Falls avec le retour de Katherine qui a l’air d’avoir un plan bien définit en tête lorsqu’elle tue Caroline et la transforme en vampire. Stefan doit alors faire en sorte de prouver à Damon que Caroline peut surmonter sa phase de transition malgré qu’elle ait tuée un innocent. Il la guide afin de lui montrer la voie qu’elle peut suivre pour continuer à vivre en tant que vampire. Même si elle se tournera vers le régime du sang humain, Stefan admire grandement son contrôle à l’époque avec Matt. Elle a réussi à s’arrêter malgré le fait qu’elle ait envie de sang humain. Plus tard, c’est Katherine qui revient dans le tableau, et afin d’en apprendre plus, Stefan la piège et la questionne pendant plusieurs heures, il comprend alors qu’il y a des choses qu’il ignorait sur ce qu’il s’est passé en 1864. Il découvre finalement les véritables motivations de Katherine qui est en réalité revenue pour lui. Mais Stefan ne veut pas d’elle puisqu’il aime Elena et a bien réalisé avec sa relation présente qu’il n’a jamais réellement aimé Katherine, du moins, pas à partir du moment où il a appris qu’elle était un vampire, car il a pu l’aimer, il le sait, quand il ignorait tout de sa nature. Stefan ne prenant pas au sérieux les menaces de Katherine, continue de sortir avec Elena en secret, faisant en sorte que tout le monde pense qu’ils ont rompus dans leurs paroles, mais sachant bien que cela ne signifie rien du tout. Jusqu’à ce que finalement, Jenna soit touchée par Katherine. Elena rompt alors avec Stefan, le laissant seul avec une détermination sans faille pour la récupérer. Il arrive à la capturer avec l’aide de Bonnie, et l’enferme dans la crypte où elle aurait dû passer les 145 dernières années. Il pense alors pouvoir retrouver Elena, mais elle lui affirme que cela ne change rien. Stefan est cependant inquiet lorsqu’il réalise qu’elle a été enlevée, il part alors avec Damon afin de la libérer. Il a réalisé depuis quelques temps déjà que son frère aime Elena, mais il a confiance en Elena, et en leur amour. Elena et lui partent pour un long weekend loin de Mystic Falls afin de fuir Elijah, l’un des vampires originaux. Ils parlent alors d’avenir, et même si Stefan se voit passer l’éternité avec Elena, il réalise bien que ce n’est pas quelques choses qu’il peut lui imposer, s’il pouvait choisir, il préfèrerait qu’elle ait une vie avec un humain, qui puisse lui donner une famille et tout ce qu’elle peut attendre de la vie. Lorsque la véritable menace arrive, qui n’est autre que Klaus, Stefan veut tout tenter pour l’empêcher de tuer Elena qui fait partie du rituel pour briser une malédiction. Il s’allie même à Elijah afin de piéger Niklaus. Mais rien ne se passe comme prévu et Elijah se retourne contre eux, emportant Niklaus. Elena s’en sort saine et sauve grâce à son père, John, mais Stefan a un autre problème lorsqu’il réalise que son frère est mourant après la morsure de Tyler. Stefan décide donc de se sacrifier, et de sacrifier son histoire avec Elena afin de sauver son frère. Il accepte de suivre Klaus contre l’antidote qui n’est autre que le sang de Klaus et avec dans l’objectif d’éloigner Klaus de Mystic Falls afin de protéger Elena qui n’est pas réellement morte dans le rituel. Il espère ainsi qu’elle restera en vie même si cela veut dire qu’il l’abandonne à son frère.
Stefan ayant quitté Mystic Falls est contraint de faire tout ce que lui demande Klaus, y compris se nourrir de sang humain et tuer des victimes innocentes. Il suit totalement celui-ci dans sa quête de loups garous qu’il transformera par la suite en hybrides afin de ne plus se sentir seul. Plus tard, alors qu’ils se trouvent à Chicago, Stefan réalise que Klaus avait été autrefois son ami, et qu’il lui a effacé la mémoire afin de pouvoir s’enfuir avec sa sœur Rebekah. Il continue de jouer double jeu lorsqu’il se retrouve dans son ancien appartement et qu’Elena est là, à côté du nom de toutes les personnes qu’il a tué à l’époque où il a rencontré Klaus pour la première fois. Il n’arrive cependant pas à duper Klaus bien longtemps qui finit par retourner à Mystic Falls après avoir réalisé que Stefan l’a trompé depuis le début. Il a en effet caché le fait qu’Elena est toujours vivante et Klaus force finalement Stefan à éteindre son humanité pour qu’il redevienne un tueur. Il en finit alors par mordre Elena mais ne la tue pas sur les ordres de Klaus qui a besoin d’elle afin de créer des hybrides puisqu’il a découvert que c’est son sang qui faisait fonctionner le processus pour créer des Hybrides. Stefan surveille Elena sous les ordres de Klaus et malgré le fait qu’il ait éteint son humanité, il ne peut s’empêcher de la sauver lorsqu’elle se trouve en danger, la sauvant d’une chute qui aurait pu être mortelle. Il se fait capturer par Alaric, mais arrive à se libérer, rejetant une nouvelle fois Elena pour qu’elle avance dans la vie et parce qu’il ne ressent rien pour elle. Il est malmené lorsque le fantôme de Lexi vient en aide à Elena pour lui faire retrouver le droit chemin, pour rallumer son humanité qui fait de lui ce qu’il est. Il réussit finalement à se défaire de l’emprise de Klaus en s’alliant à Katherine afin de sauver Klaus du plan machiavélique de Damon et Mickaël. Il obtient ainsi sa liberté, et en profite pour obtenir sa revanche en prenant à Klaus ce qu’il a de plus cher : Sa famille. Tout ce que cherche à faire Stefan devient alors de détruire Klaus. Il utilise même Elena afin de parvenir à son objectif, mettant sa vie en danger pour pouvoir faire pression sur Klaus.  Malgré ce que Stefan peut dire ou laisser paraitre, il ne peut pas éteindre la jalousie qu’il peut avoir envers son frère lorsqu’il apprend de la bouche d’Elena qu’elle l’a embrassé, il le prouve en frappant Damon pour ce baiser. Avec l’aide d’Elijah et de Bonnie, Stefan parvient à réveiller toute la famille de Klaus, ainsi qu'avec l'aide d'une toute autre personne qu’il n’aurait pas imaginé, la mère de Klaus. Il parvient alors à contrôler Klaus pendant un temps, le temps de passer du temps avec Elena, et lui avouer que s’il laisse de nouveau les émotions l’envahir, tout ce qu’il pourrait ressentir, c’est de la peine. La peine de l’avoir fait souffrir, d’avoir bu son sang, et de ne pas être assez bien pour elle à cause de sa dépendance au sang humain. Bien qu’il ait décidé d’arrêter d’en boire à l’instant où il a mis Elena en danger sur le pont où sont morts ses parents. Le combat contre les originaux ne fait alors que commencer. Mais ils parviennent malgré tout à éliminer Finn, l’un des leurs. Stefan finit par avouer à Elena qu’il l’aime toujours cependant, il sait également qu’elle a des sentiments pour Damon, et il lui demande donc de faire le point afin de savoir où elle en est. Il accepte de l’accompagner à la soirée sur les années 20 et lui dit lorsqu’Alaric meurt, qu’il sera toujours là pour elle quoi qu’il arrive. Avec l’aide de Bonnie, Stefan finit par venir à bout de Klaus mais Alaric n’est pas réellement mort, il est devenu vampire et il est lié à la vie d’Elena afin de lui créer une faiblesse. Tous doivent alors s’allier contre Alaric qui n’est plus celui qu’il était. Finalement, le combat se passe mal, et un accident causé par Rebekah conduit Stefan à devoir sauver Elena une fois de plus alors qu’elle se trouve au fond de la rivière où sont morts ses parents. Cependant, Elena encore consciente le force à sauver Matt, ce qu’il fait, perdant ainsi toute chance de sauver Elena qui se réveille finalement transformée en vampire.
Stefan se sent totalement coupable de la transformation d’Elena et regrette totalement de l’avoir écoutée, mais il a toujours respecté les choix d’Elena et il n’a pas envie de changer les choses aujourd’hui, même si cela signifie la perdre. Une nouvelle menace arrive lorsqu’il se fait capturer avec Elena par le conseil secret de la ville, elle finit par être sur le point de mourir et lui avoue qu’elle l’a choisi lui et non Damon, et que c’est pour ça qu’elle se trouvait sur le pont, en train de revenir vers lui. Stefan est heureux parce que maintenant, il a la chance de pouvoir continuer sa vie avec Elena, qu’ils soient heureux. Leur vie de couple reprend donc doucement, mais n’est pas une grande réussite à cause de la transition d’Elena, elle ne parvient pas à garder le sang animal, ni même à se nourrir d’une poche de sang. Malgré lui, Stefan voit au fil du temps Elena se tourner vers Damon, faisant tout ce qu’il lui suggère, même des choses qu’il aurait cru qu’elle ne ferait jamais même vampire. Il sait que cette vie n’est pas pour elle, et qu’elle n’aurait jamais voulu devenir ce qu’elle est. Il décide alors de suivre Klaus pour trouver un remède contre le vampirisme. Stefan voit par ailleurs ses craintes confirmées sur le rapprochement entre Damon et Elena. Il fait même en sorte de donner une chance à son frère de la sauver lorsqu’il sait qu’elle compte se suicider avec le lever du soleil.  Il a compris qu’elle a maintenant plus confiance en Damon qu’elle n’a confiance en lui. Il décide donc de rompre avec elle, malgré sa souffrance, pour lui redonner sa liberté, il pense ainsi qu’elle sera heureuse même si c’est sans lui. Plus tard, il découvre que ce qui se passe réellement entre Damon et Elena est qu’en réalité, Elena est liée à Damon, mais il n’aurait pas pensé que cela la mènerait à avoir une relation plus « poussée » avec Damon. Quoi qu’il en soit pour Stefan, c’est le moment de tourner la page et d’avancer, cependant, les choses ne s’arrangent pas lorsque Jeremy est tué et qu’Elena perd son humanité sous les ordres de Damon. Stefan dans tout cela se contente d'être présent pour Elena, mais lorsque celle-ci perd totalement le contrôle, il fait en sorte de tenter de lui rappeler son humanité en lui remémorant des souvenirs de leur relation. Mais par une idée assez folle, c'est grâce à la "mort" de Matt qu'Elena finit par rallumer son humanité en le croyant mort. A travers toute cette histoire, Silas, un très puissant et vieux vampire cherche à tout prix à obtenir l'antidote au vampirisme tandis que tout le monde tente de se débarrasser de lui. Alors qu'il pense avoir réussi à vaincre Silas, Stefan passe du temps avec Lexi, sa meilleure amie, qui est là grâce à Bonnie qui a levé le voile, mais il doit faire face à une réalité difficile, Elena a choisi Damon. Il décide donc de quitter Mystic Falls comme il l'avait promis et alors qu'il s’apprête à jeter son corps dans la carrière éloignée de Mystic Falls, Stefan découvre que ce dernier n'est autre que son double vieux de plus de 2000 ans. Stefan se fait piéger et se retrouve enfermé vivant, condamné à se noyer encore et encore. Stefan ne sait pas comment tenir, son subconscient se bat entre continuer à garder son humanité ou la laisser s'envoler et l'image d'Elena essayant de le convaincre de se battre ne l'aide pas particulièrement. Finalement, le coffre-fort dans lequel il se trouve est découvert par l'équipe de police, mais Stefan est tellement assoiffé de sang qu'il tue la première personne qui le libère. Il est perdu, sa soif de sang étant incontrôlable. Mais il a bien l'intention de lutter pour redevenir ce qu'il était.